Действие аниме разворачивается в альтернативном мире, напоминающем феодальную Японию, где множество маленьких государств управляются могущественными дайме. В каждом из этих государств скрывается деревня ниндзя, где живут мастера скрытности и боевых искусств. Центральной фигурой в этих деревнях является Кагэ, который определяет роль и задачи каждого воина. Ниндзя играют ключевую роль в защите своих земель и выполнении секретных миссий, оплачиваемых влиятельными правителями. Уровень ниндзя определяется его способностями и силами, которыми он владеет.
События начинаются за двенадцать лет до основных действий аниме, когда на одну из скрытых деревень нападает могущественный демон-лис. Никто не мог противостоять этому зверю, и тогда глава деревни принимает героическое решение: запечатать демона в теле своего новорожденного сына. Так маленький Наруто становится хранителем неуправляемой силы, однако это лишает его обычной детской радости и делает изгоем в своей деревне. Несмотря на то, что его отец видел в нем будущего героя, Наруто вынужден доказывать свою ценность через свои поступки и старания.
