2015 год. В мире все еще господствует магия. Для сохранения своего рода человечество возвело научную лабораторию под названием «Халдея». Суть ее существования заключалась в том, чтобы наблюдать за миром при помощи той самой магии и достижений человечества. Благодаря усилиям ученых было подтверждено, что человечеству оставалось жить еще как минимум 100 лет. Однако «Халдея» зафиксировала некую аномалию, в результате которой наблюдаемая лабораторией область будущего внезапно исчезла. Все эти события привели к панике, и ученые принялись изучать полученные данные. Выяснилось, что в городе Фуюки в 2004 году существовала область, которая ни разу за всю историю существования «Халдеи» не попадала в поле ее зрения. Также подтвердилось вымирание человечества уже в 2017 году.
По результатам полученных данных «Халдея» принимает решение задействовать программу «Рейшифт». Смысл — отправить группу специально подготовленных людей (Мастеров) в прошлое для ликвидации аномалии. Однако, в лаборатории происходит взрыв, и все Мастера оказываются в критическом состоянии. Одному из них, Рицуке Фудзимару , все же удается попасть в прошлое, где разворачивалась легендарная война за Святой Грааль. Теперь ему предстоит выяснить, что же на самом деле произошло, и, по возможности, устранить угрозу.
